Nachdem seine Mutter bei einem Luftangriff im zweiten Weltkrieg umgekommen ist, muss der elfjährige Mahito Tokio verlassen. Er zieht zu seinem Vater in ein altes Herrenhaus, das sich auf einem riesigen Landgut befindet. Isoliert von der Welt, beginnt Mahito, die verzauberten Landschaften, die sein neues Zuhause umgeben, zu erforschen und begegnet einem mysteriösen Graureiher, der an seiner Seite bleibt. Nach und nach wird der Reiher zu seinem Führer und hilft ihm, die Welt um ihn herum zu verstehen und die Geheimnisse des Lebens zu lüften.